Věda a vědecká činnost tvoří součást fakultního úsilí stejně zásadně jako výuka. Obě oblasti jsou spolu provázány, přičemž mezi nimi existuje silná prostupnost, protože je spojuje společný zájem o poznání pravdy. Věda se přitom v rámci Univerzity mohutně rozvíjí, dochází k velkým posunům a mnohem silnějšímu přesunu důrazu z kvantity na kvalitu a z tuzemského srovnání ke srovnání mezinárodnímu či světovému. Pro fakultu kvalitní vědecké výstupy znamenají větší množství finančních prostředků, které mohou být využívány i na rozvoj dalších aktivit na fakultě a také na ohodnocení pracovníků, kteří se v současnosti pohybují většinou na úrovni zaručené mzdy a hluboko pod ohodnocením pedagogů na nižších stupních škol. Tato problematika je značně složitá a fakulta ji musí řešit v součinnosti s Univerzitou a ministerstvem školství; zcela jistě se jedná o běh na dlouhou trať. Oblast rozvoje vědy však podle mě patří k tomu nejzajímavějšímu, na co se lze v současnosti na fakultě soustředit.
Při slovech „hodnocení vědy“ mnohým vyskočí na pokožce pupínky, ale pokud se takové hodnocení udělá smysluplně a tak, aby z něj měli samotní badatelé prospěch, pak jej lze přijmout jako dobrý nástroj. Uzavřené národní i mezinárodní hodnocení vědy na fakultě nám umožňuje pojmenovat silné i méně silné, slibné i méně slibné stránky našeho vědeckého působení. Naše fakulta se může díky své velikosti zaměřit na kvalitní, mezinárodně srovnatelný rozměr vědecké činnosti a nespoléhat se na kvantitu, která ostatně v současné Metodice 17+ má pouze marginální význam. Pro nás je to příležitost vystoupit z proklínaného sloganu publish, or perish. Jednotlivým odborníkům se nabízí možnost rozvíjet svůj odborný zájem tak, aby mohl být přijímán i v mezinárodní badatelské komunitě, a nikoli pouze ministerskými tabulkami.
V rámci celouniverzitní diskuse, spojené nyní především s programem Cooperatio, ale vedené rovněž o principech rozdělování finančních prostředků z vědecké činnosti, může fakulta těžit z unikátní kombinace vědních oblastí, které se na ní pěstují: teologie, filosofie a etiky, dějin umění a dějin, a u nichž se v následujících letech předpokládá ještě užší spolupráce s ostatními fakultami univerzity. Při našich počtech je také dobré ujasnit si, co mohou být „ta“ klíčová témata, o nichž se bude vědět, že se na naší fakultě „dělají“ dobře a skvěle. Zaměření na vybrané „vlajkové lodi“ či „magnety vědeckého zájmu“ by mohlo prospět jak vytvoření nových vědeckých týmů, tak přitáhnout i nové studenty se zájmem o konkrétní oblast poznání („na KTF dělají skvěle to a ono, jdi tam!“) v souladu se strategickým záměrem fakulty „nejlepší lidé dělají nejlepší univerzitu“. To neznamená omezení osobních badatelských zájmů, ale spíše možnost vytvořit prostředí pro živou a životaschopnou vědeckou spolupráci s dalšími institucemi a způsob jak do ní také zapojit postgraduální i pregraduální studenty a jak na fakultu přitáhnout nadějné absolventy doktorského studia (postdoky).